凌美琪和凌美雪是一对活泼的姐妹，某天在偶然发现的神秘八音盒里，遇见了来自魔仙堡的小蓝。小蓝是守护魔仙，为追回被黑魔仙小月偷走的魔仙彩石来到人间，姐妹俩就这样闯入了魔法世界的纷争。
小月因嫉妒小蓝得到魔仙彩石的守护权，偷走彩石后修炼黑魔法，还在人间拉拢了孤僻的严莉莉，将她变成小黑魔仙，让她帮忙对抗小蓝。美琪和美雪对魔法充满好奇，拜小蓝为师，成为实习小魔仙，她们带着魔法棒，学着用“巴啦啦能量”施展简单咒语，一边帮小蓝寻找彩石，一边用魔法解决身边的小麻烦，比如帮同学找回丢失的东西、让枯萎的花重新绽放。
魔仙堡的王子游乐也来到人间，他总戴着面具，对女王心怀不满——多年前，他的好友玲珑因触碰魔仙堡禁地的魔蝎草中毒，女王却不肯用解药救治，这成了他心中的刺。他时常捉弄小蓝，却又在关键时刻悄悄出手相助，立场让人捉摸不透。
随着争斗升级，小月的黑魔法越来越强，甚至威胁到魔仙堡。占星魔仙预言的千年浩劫逼近，小月从黑暗之神那里获得更强大的力量，返回魔仙堡向女王复仇，将女王打成重伤。小蓝为阻止小月闯入禁地，被魔蝎草割伤，昏迷不醒——而这正是当年玲珑遭遇的同样伤势。
危急时刻，美琪美雪赶到魔仙堡，看到昏迷的小蓝，急得泪如雨下。没想到，她们真诚的眼泪滴落在魔仙彩石上，竟解开了彩石的秘密，唤醒了小蓝。游乐也终于明白，当年女王不用解药，是因为魔蝎草的毒根本无药可解，他与女王解开误会，联手对抗黑暗之神。
最终，美琪美雪举起魔仙之剑，汇聚众人的力量，彻底击溃了黑暗之神。小月失去了关于黑魔法的记忆，变回普通魔仙；严莉莉在美琪美雪的友情感染下，放弃了黑魔法，成为实习小魔仙。魔法世界重归和平，美琪美雪带着对魔法的敬畏回到人间，继续用善意和勇气面对生活，而那段关于魔法与成长的故事，成了她们心中最珍贵的秘密。
